O Benfica vai defrontar o Everton (Inglaterra), AEK (Grécia) e o BATE (Bielorússia), enquanto o Sporting joga contra o Heerenveen (Holanda), Hertha (Alemanha) e o Ventspils (Letónia), de acordo com o sorteio da fase de grupos da Liga Europa, realizado no Mónaco.

O Sporting, que chegou a esta fase depois de eliminado pela Fiorentina da Liga dos Campeões, ficou como cabeça de série do Grupo D e joga com o Heerenveen, Hertha e o Ventspils. O Nacional, colocado no pote 4, ficou no grupo L e tem como adversários o Werder Bremen, Asutria de Viena e Atlético.

A fase de grupos realiza-se a 17 Setembro (primeira jornada), 01 de Outubro (segunda) e 22 de Outubro (terceira), 05 de Novembro (quarta), 02 e 03 de Dezembro (quinta) e 16 e 17 de Dezembro (sexta).

Os dois primeiros de cada agrupamento qualificam-se para os 16 avos-de-final, aos quais se juntam os terceiros classificados da fase de grupos da Liga dos Campeões.

Grupo A – Ajax, Anderlecht, Dinamo Zagreb, Timisoara

Grupo B - Valencia, Lille, Slavia de Praga, Genoa

Grupo C – Hamburgo, Celtic, H. Tel-Aviv, Rapid Viena

Grupo D – Sporting, Heerenveen, Hertha de Berlim, Ventspils

Grupo E – Roma, Basileia, Fulham, CSKA Sofia

Grupo F – Panathinaikos, Galatasaray, Dinamo de Bucareste, Sturn

Grupo G – Villareal, Lazio, Levski, Salzburgo

Grupo H – Steaua, Fenerbahçe, Twente, Sheriff

Grupo I – Benfica, Everton, AEK Atenas, BATE

Grupo J – Shakthar, Club Brugge, Partizan, Toulouse

Grupo K – PSV, Kobenhvn, Sparta de Praga, CFR Cluj

Grupo L – Werder Bremen, Austria de Viena, Atlético de Bilbao, Nacional

Calendário de jogos
Fase de grupos, 1ª Jornada 17.09.2009

Fase de grupos, 2ª Jornada 01.10.2009

Fase de grupos, 3ª Jornada 22.10.2009

Fase de grupos, 4ª Jornada 05.11.2009

Fase de grupos, 5ª Jornada 02/03.12.2009

Fase de grupos, 6ª Jornada 16/17.12.2009

16 avos-de-final, 1ª mão 18.02.2010

16 avos-de-final, 2ª mão 25.02.2010

Oitavos-de-final, 1ª mão 11.03.2010

Oitavos-de-final, 2ª mão 18.03.2010

Quartos-de-final, 1ª mão 01.04.2010

Quartos-de-final, 2ª mão 08.04.2010

Meias-finais, 1ª mão 22.04.2010

Meias-finais, 2ª mão 29.04.2010

Final (Hamburgo, Alemanha) 12.05.2010